L’isola di Ponza prende il nome molto probabilmente dal greco antico Pòntos o Pontia, ossia «mare», questo perchè l’isola fu colonizzata dai greci nell’VIII secolo a.c., dopo essere stata colonia Fenicia e prima ancora dei Volsci.

L’arcipelago pontino divenne infine colonia romana nel 312 a.c., quando i romani ne avevano intuito le potenzialità dal punto di vista strategico ed economico, diventando definitivamente nel 89 a.c. città romana rappresentando un punto fondamentale per il controllo nel mar Tirreno centrale.

Una volta acquisita la cittadinanza romana, Ponza ebbe un fiorente sviluppo dimostrato dalla costruzione di un alto numero di ville patrizie che poneva l’isola, già allora, meta turistica molto gettonata per i patrizi romani.

Sotto la dominazione romana, sull’isola vennero costruiti diversi acquedotti, dighe e numerosi serbatoi idritici, di cui se ne trovano tutt’ora molteplici resti. Questo permise a Ponza di diventare un importantissimo scalo per i rifornimenti nel Mar Tirreno.

In quegli anni fu molto importante anche la costruzione del porto, posizionato inizialmente dove ora è la spiaggia, e furono costruiti anche i due tunnel ancora esistenti che collegavano questa zona a quella che ora è diventato il porto.

Sempre in quegl’anni ebbe un forte sviluppo l’attività cantieristica, visto la facilità di reperimento del legname di cui era ricca l’isola, questo però portò alla prima grande deforestazione, ma aumento di molto l’importanza dell’isola come snodo di traffici marittimi. Con la caduta dell’Impero Romano, l’arcipelago perse la sua importanza logistica ma rimase un fiorente centro di commerci e di pesca.

Nel Medioevo divenne poi anche un importante centro religioso (nel 537 morì nell’isola di Palmarola Papa Silverio, divenuto poi patrono di Ponza), questo grazie alla presenza dei monaci benedettini che edificarono l’abbazia di Santa Maria, che dopo gli anni tribolati delle scorrerie piratesche del X secolo, tornò al suo splendore nel 1233 quando Papa Innocenzo III la affidò ai padri cistercensi.

Nei secoli a seguire l’isola fu teatro di diverse battaglie navali tra il papato e gli Aragonesi, che si impossessarono definitivamente dell’isola nel 1454 scacciando i monaci cistercensi che si rifugiarono a Formia dove edificarono la chiesa di Santa Maria di Ponza

Nel 1542 Ponza fu concessa dal Re di Spagna Carlo V a Pier Luigi Farnese la cui famiglia continuò negli anni a proteggere l’isola dagli attacchi dei pirati anche se non sempre con successo. Nel 1734 Elisabetta Farnese cedette l’arcipelago al figlio Carlo III di Spagna Re di Napoli il quale avviò un’intensa opera di colonizzazione importando coloni soprattutto dall’isola di Ischia. In particolare furono portate a Ponza 52 famiglie ischitane che rippopolarono l’isola dopo essere rimasta quasi del tutto spopolata per due secoli a causa delle scorribande piratesche. Gli attuali abitanti di Ponza sono i diretti discendenti di quelle 52 famiglie.

In questo periodo furono completate molte opere che resistono tutt’oogi. Di quegli anni è la costruzione dell’attuale Porto di Ponza, del paese a ridosso del porto, il palazzo degli Uffici oggi sede del Municipio, il cimitero, la fortezza, la chiesa e il Forte Papa alle Forna.

Nel 1808 le Isole Ponziane furono occupate dalle truppe napoleoniche di Gioacchino Murat, sottraendole al dominio borbonico. Nel 1813 Ponza fu occupata dagli inglesi guidati dall’ammiraglio Carlo Napier, che venne nominato conte dell’isola. Ma due anni dopo il Trattato di Vienna restituì l’isola ai Borboni. L’isola rimase sotto controllo borbonico finché venne occupata dai garibaldini il 7 novembre 1860 e nel 1861 Ponza fu annessa al Regno d’Italia.

Nel 1928 il regime fascista destinò Ponza a luogo di confino degli oppositori politici. Vi furono inviati, dai Tribunali Speciali, Giorgio Amendola, Lelio Basso, Pietro Nenni, Sandro Pertini, Mauro Scoccimarro, Giuseppe Romita, Pietro Secchia e Umberto Terracini. Lo stesso Mussolini fu poi prigioniero nell’isola dal 27 luglio al 7 agosto 1943.